河南中医药大学的学科设置具有一定的集中性。主要开设中医专硕的院系包括一附院、二附院及洛阳研究生培养部等。其中，针推方向仅在三附院开设。考生报考哪个医院，则需在该医院进行规培。一附院因为实力较强，常常是考生们的热门选择，所以历年报考分数也相对较高。值得一提的是，该大学的附属医院并不开设基础类专业，基础类专业则由基础医学院、协同创新中心以及中医药科学院等院系承担。
二、分院系详解
1. 第一临床医学院：
河南中医药大学第一附属医院（简称一附院）是一所集医疗、教学、科研等为一体的三级甲等中医医院，同时也是国家中医临床研究基地等。一附院的特色是以丁樱教授为代表的儿科专业，在全国享有盛誉。一附院的中医内科、妇科、外科等专硕开设齐全，强势学科众多。临床医学院的学硕开设学科与专硕大致相同，但会略少几个学科。
2. 第二临床医学院：
河南省中医院（简称二临床）是河南中医药大学第二附属医院，也是一所现代化综合性三级甲等中医院。二临床的特色在于中医骨伤专业，其他学科也不弱。骨伤是其强势学科，招收人数较多。二临床的学硕专业特色在于开设了中医养生学方向，但招生人数较少。
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